农田被占用时，可以联系 自然资源部门或 农业农村主管部门进行举报或投诉。具体部门如下：
自然资源部：
负责规范国土资源权属管理，保护土地资源、矿产资源、海洋资源等自然资源所有者和使用者的合法权益。对于土地违法行为，自然资源部有权纠正违法行为，当事人可以就合法土地被违法占用向自然资源部提起查处申请。
国土局：
地方级的国土局或国土所负责土地管理工作，发现违法占用农田的，应及时到当地国土所或国土局举报，并提供基本证据如照片、证人等。
农业农村主管部门：
负责违反农村宅基地管理法律、法规的行为的监督检查，适用《土地管理法》中关于自然资源主管部门监督检查的规定。
12345政务服务便民热线：
可以通过拨打12345热线进行投诉，提供相关证据，由政务部门处理。
村委会和派出所：
可以寻求当地村委会和派出所的调解处理，收集侵权证据，并可以起诉到法院要求停止侵权、排除妨碍。
建议优先选择自然资源部门或国土局进行举报，因为这些部门有直接的土地管理职责和权力。如果需要进一步的法律支持或调解服务，可以考虑联系12345热线或当地法院。
