莫斯科大学拥有广泛的学科设置，涵盖了社会科学、自然科学和人文科学等多个领域。以下是一些主要系别：
文科系：包括经济学、社会学、历史、文学、艺术、外语、法律学、新闻、俄语、哲学等专业。
理科系：包括计算机科学、医学、数学力学、化学、物理、生物、地质、土壤、心理学、建筑等专业。
具体到一些系别，例如：
力学与数学系：是世界最大的数学中心之一，培养力学、数学、应用数学领域的专家。
物理系：有35个教研室，组成6个专业大组，培养物理学、地球物理学和天文研究领域的专家。
化学系：是世界著名的化学研究领域的专家培养中心。
生物学系：有24个教研室，7个专题实验室，培养生物学领域的专家。
地质学系：培养土地科学理论与应用基础研究领域的专家。
经济系：建立于1941年，培养经济学专业的学生。
新闻系：为媒体工作培养新闻工作者。
心理学系：有110名教师，包括俄罗斯科学院通讯院士，培养心理学专业的学生。
法律系：成立于1755年，是培养法学专业高级律师人才的摇篮。
外语系：在培养语文学家方面居各大学之先，涵盖多种语言的教学。
哲学系：讲授哲学、政治学、宗教学基础知识。
艺术系：主要培养艺术和一般艺术理论方面的学士和硕士。
莫斯科大学还设有其他多个系别，如社会科学、自然科学、人文科学等，为学生提供多样化的教育选择。
