耕地建房的处理方式主要依据《自然资源部 农业农村部关于完善设施农用地管理有关问题的通知》（自然资源部 农业农村部公告2020年第22号）以及《关于坚决遏制耕地非农化行为的通知》（自然资源部 农业农村部 生态环境部关于保障农村村民住宅建设合理用地的通知）。以下是具体的处理措施：
2020年7月3日后的处理
新增乱占耕地建房：一律从严整治，对占耕房屋予以拆除，并对占用耕地实施复耕。
在建房屋：无论是否占用耕地，一律要停工报审，待批准之后方可恢复建设。
2020年7月3日前的处理
未完工房屋：若至2020年7月3日仍未完工，需停工待处。经劝阻拒不停工的，视为“新增占耕建房行为”，对占耕在建房屋予以拆除。
已完工房屋：一律按现状予以固化，待根据国家相关政策分类处置。
分类处置
对于不同情况的已完工占耕房屋，需要按照国家的相关政策进行分类处置，以确保符合土地利用和耕地保护的要求。
建议
及时报审：从2020年7月3日起，无论是农村在建房屋还是已完工的占耕房屋，都需要先停工并进行报审，获得批准后方可恢复建设。
遵守政策：农户应严格遵守国家关于耕地保护的相关规定，避免违规占用耕地进行建房。
政府监管：各级政府应加强监管力度，对违规占用耕地建房的行为进行严厉打击，确保耕地资源得到有效保护。
以上信息仅供参考，具体处理方式可能会因地区和具体情况有所不同。建议咨询当地自然资源主管部门或相关机构获取更详细和准确的信息。
