当作废的发票已经被认证时，可以采取以下几种方法处理：
开具红字发票
如果发票作废是因为销售方操作失误，销售方可以申请开具红字增值税专用发票，并将原发票作废。
销售方在开票软件中提交开具红字发票的申请，由销售方开具红字发票，收票方收到后做进项税转出处理。
进项税额转出
如果发票已经被购货方认证，购货方需要将已认证的进项税额做转出处理，即借记“原材料”等科目，贷记“应交税金-应交增值税-进项税额转出”。
购货方也可以将对方已认证的发票退回，并作进项税转出处理，然后重新开具正确的发票。
税务机关协查
如果购货方已将发票申报抵扣，税务机关会通过《增值税抵扣凭证审核检查管理系统》向销售方主管税务机关发出协查信息，销售方主管税务机关会到销售方实地核实发票作废原因，并通过系统回函购货方主管税务机关。
重新开具发票
销售方在收到购货方退回的发票后，重新开具正确的发票，购货方用新的发票进行记账与纳税申报。
建议
及时沟通：一旦发现发票作废，应尽快与对方沟通，说明情况并协商处理方案。
遵循规定：严格按照税务机关的规定和流程办理，确保处理得当，避免因处理不当而产生税务风险。
保留证据：在处理过程中，保留好所有相关文件和证据，以备税务机关核查。
以上处理方法均需遵循最新的税务规定，建议在实际操作中咨询当地税务机关或专业会计师，以确保合规性。
